Ο Άγιος Νικόλαος αποτελεί νεώτερη ενορία του Μαρκοπούλου, η ίδρυση της οποίας οφείλεται στη σταδιακή επέκταση του οικισμού λόγω αύξησης του πληθυσμού. Η πρώτη θεμελίωση του ναού έγινε το 1973, επί Μητροπολίτου Αττικής και Μεγαρίδος Νικοδήμου. Μετά από πολλές προσπάθειες της τοπικής κοινωνίας και της Ιεράς Μητρόπολης Μεσογαίας και Λαυρεωτικής μέσω εράνων και την οικονομική συμβολή πολλών δωρητών ο ναός εγκαινιάστηκε μετά από 37 χρόνια, την Κυριακή 5 Δεκεμβρίου 2010 από το Μητροπολίτη Μεσογαίας & Λαυρεωτικής, κ. Νικόλαο. Πρότυπα για τον σχεδιασμό του ναού ήταν η βυζαντινή αρχιτεκτονική του ναού της Παντάνασσας του Μυστρά και του Οσίου Λουκά Βοιωτίας.
Οι δωρεές της ΑΙΓΕΑΣ ΑΜΚΕ συνέβαλαν σημαντικά στην εκπλήρωση του οράματος των κατοίκων του Μαρκοπούλου για την αποπεράτωση του ναού.
Φωτογραφία: Μαρία Στέφωση.