Ο Ιερός Ναός του Αγίου Ισιδώρου, στον οικισμό Ατσιπάπη στο βορειοανατολικό τμήμα της Νάξου, είναι δίκλιτος με ανισοπλατή κλίτη, τα οποία απολήγουν σε πεταλόσχημη αψίδα το βόρειο και σε μικρότερη το νότιο. Ιδιαιτερότητα του ναού αποτελεί η στέγαση του βόρειου κλίτους, που καλύπτεται με μεγάλες λίθινες πλάκες στηριγμένες σε τρία επάλληλα εγκάρσια τόξα.
Οι τοίχοι και η οροφή του ναού διατηρούν σημαντικά τμήματα τοιχογραφιών μεγάλης αξίας, οι οποίες σταδιακά αποκαλύπτονται πίσω από τα νεώτερα επιχρίσματα. Έχουν εκπονηθεί μελέτες αποκατάστασης και έχουν υλοποιηθεί εργασίες όπως η αποκάλυψη των τοιχογραφιών, η απομάκρυνση νεώτερων επεμβάσεων από σκυρόδεμα, η στερέωση των τοιχοδομών και η ανασκαφική διερεύνηση.
Η ανασκαφή αποκάλυψε το αρχικό επιμελώς λιθόστρωτο δάπεδο που θεμελιώνεται στον φυσικό βράχο, καθώς και ταφές, οι περισσότερες εκ των οποίων αφορούν ανακομιδές. Εξαιρετικό εύρημα αποτελεί ασύλητος κιβωτιόσχημος τάφος στον διαμήκη άξονα του ναού, κάτω από την πλακόστρωση, που περιείχε τα οστά ενός ή δύο ανηλίκων και ήταν ακτέριστος.
Η ΑΙΓΕΑΣ ΑΜΚΕ, αναγνωρίζοντας τη σπουδαιότητα του μνημείου, ανέλαβε τη συντήρηση και στερέωση του τοιχογραφικού διακόσμου, σε συνεργασία με την Εφορεία Αρχαιοτήτων Κυκλάδων.